ALYREF

ALYREF
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3ULH
Ідентифікатори
Символи	ALYREF, ALY, ALY/REF, BEF, REF, THOC4, Aly/REF export factor
Зовнішні ІД	OMIM: 604171 HomoloGene: 134554 GeneCards: ALYREF
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • nuclear speck • catalytic step 2 spliceosome • мембрана • transcription export complex • exon-exon junction complex • spliceosomal complex • екзосома • клітинне ядро • нуклеоплазма Біологічний процес • regulation of DNA recombination • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA transport • mRNA processing • viral mRNA export from host cell nucleus • mRNA export from nucleus • positive regulation of DNA-templated transcription, elongation • osteoblast differentiation • replication fork processing • GO:0022415 viral process • mRNA 3'-end processing • Сплайсинг РНК • RNA export from nucleus • GO:0015915 транспорт Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	10189	690585
Ensembl	ENSG00000183684	ENSRNOG00000036687
UniProt	Q86V81	D3ZXH7
RefSeq (мРНК)	NM_005782	NM_001109602
RefSeq (білок)	NP_005773	NP_001103072 NP_001381323
Локус (UCSC)	Хр. 17: 81.89 – 81.89 Mb	н/д
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

ALYREF (англ. Aly/REF export factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 257 амінокислот, а молекулярна маса — 26 888.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MADKMDMSLD		DIIKLNRSQR		GGRGGGRGRG		RAGSQGGRGG		GAQAAARVNR
GGGPIRNRPA		IARGAAGGGG		RNRPAPYSRP		KQLPDKWQHD		LFDSGFGGGA
GVETGGKLLV		SNLDFGVSDA		DIQELFAEFG		TLKKAAVHYD		RSGRSLGTAD
VHFERKADAL		KAMKQYNGVP		LDGRPMNIQL		VTSQIDAQRR		PAQSVNRGGM
TRNRGAGGFG		GGGGTRRGTR		GGARGRGRGA		GRNSKQQLSA		EELDAQLDAY
NARMDTS

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до шаперонів. Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транспорт, транспорт мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Wichmann I., Garcia-Lozano J.R., Respaldiza N., Gonzalez-Escribano M.F., Nunez-Roldan A. (1999). Autoantibodies to transcriptional regulation proteins DEK and ALY in a patient with systemic lupus erythematosus. Hum. Immunol. 60: 57—62. PMID 9952027 doi:10.1016/S0198-8859(98)00085-8
• Rappsilber J., Ryder U., Lamond A.I., Mann M. (2002). Large-scale proteomic analysis of the human spliceosome. Genome Res. 12: 1231—1245. PMID 12176931 doi:10.1101/gr.473902
• Virbasius C.-M., Wagner S., Green M.R. (1999). A human nuclear-localized chaperone that regulates dimerization, DNA binding, and transcriptional activity of bZIP proteins. Mol. Cell. 4: 219—228. PMID 10488337 doi:10.1016/S1097-2765(00)80369-X
• Le Hir H., Izaurralde E., Maquat L.E., Moore M.J. (2000). The spliceosome deposits multiple proteins 20-24 nucleotides upstream of mRNA exon-exon junctions. EMBO J. 19: 6860—6869. PMID 11118221 doi:10.1093/emboj/19.24.6860
• Kataoka N., Diem M.D., Kim V.N., Yong J., Dreyfuss G. (2001). Magoh, a human homolog of Drosophila mago nashi protein, is a component of the splicing-dependent exon-exon junction complex. EMBO J. 20: 6424—6433. PMID 11707413 doi:10.1093/emboj/20.22.6424

Див. також

• Хромосома 17