Tras editar varios discos de 7" e casetes, o primeiro CD de longa duración chegou o 1 de abril de 1992 co Tossing Seeds de Superchunk (MRG020), a primeira colección de sinxelos da banda.
En febreiro do ano 2009, debido ás adversas condicións do mercado, anunciouse que Touch and Go Records deixaría de fabricar e distribuír discos para Merge e moitas outras discográficas independentes; Merge estivera baixo o paraugas de Touch and Go dende a edición en 1992 de Tossing Seeds. Merge raidamente chegou a un acordo con Alternative Distribution Alliance para continuar distribuíndo os seus lanzamentos.
En setembro do 2009 Algonquin Paperbacks puvlicou Our Noise: The Story of Merge Records, un libro que relata a historia do selo. Pouco despois celebrouse un festival de 6 días en Chapel Hill e Carrboro, Carolina do Norte, onde actuaron uns 40 artistas de Merge de todo o mundo para celebrar o 20 aniversario da primeira edición do selo.