“全物种活树”项目
“全物种活树”项目（英語：'The All-Species Living Tree' Project，或译“全物种生命树枝”项目）是ARB、SILVA rRNA数据库项目和LPSN等多个学术团体/机构之间的合作，旨在组建一个包含所有有效发表的细菌和古菌物种的16S rRNA序列数据库。[1] 在某个阶段，还收集了23S序列，[2] 但后来停止了。[3]
目前，对齐的数据集中已包含超过10,950个物种，并且随着新物种的发现或数据库中未收录物种的测序，还会添加更多物种。后者最初占物种总数的7%。
类似（以及最近）的项目包括细菌和古菌基因组百科全书（Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea，GEBA），该项目专注于细菌和古菌的全基因组测序。[4][5]
树
[编辑]该树是通过最大似然法分析创建的，未使用引导法：因此，准确性会因大小而降低，并且许多门级分支（例如厚壁菌门）无法正确解析。（真核生物未在分析中出现）。此系统发育树是基于16S rRNA的LTP_08_2023的总结，包含截至2023年8月所有已有效发布名称的模式种。[6][7][8]
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参阅
[编辑]- 细菌门分支顺序 (乌斯，1987年)
- 细菌门分支顺序 (古普塔，2001年)
- 细菌门分支顺序 (卡弗利尔-史密斯，2002年)
- 细菌门分支顺序 (拉佩和乔瓦诺尼，2003年)
- 细菌门分支顺序 (巴蒂斯图齐等人，2004年)
- 细菌门分支顺序 (奇卡雷利等人，2006年)
- 细菌门分支顺序 (基因组分类学数据库，2018年)
- 细菌门
- 古菌属列表
- 细菌属列表
- 细菌目列表
- LPSN（原核生物标准命名列表），公认的细菌和古菌名称列表
参考文献
[编辑]- ^ Yarza, P.; Richter, M.; Peplies, J. R.; Euzeby, J.; Amann, R.; Schleifer, K. H.; Ludwig, W.; Glöckner, F. O.; Rosselló-Móra, R. The All-Species Living Tree project: A 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains. Systematic and Applied Microbiology. 2008, 31 (4): 241–250. Bibcode:2008SyApM..31..241Y. PMID 18692976. doi:10.1016/j.syapm.2008.07.001. hdl:10261/103580
.
- ^ Yarza, Pablo; Ludwig, Wolfgang; Euzéby, Jean; Amann, Rudolf; Schleifer, Karl-Heinz; Glöckner, Frank Oliver; Rosselló-Móra, Ramon. Update of the All-Species Living Tree Project based on 16S and 23S rRNA sequence analyses. Systematic and Applied Microbiology. 2010, 33 (6): 291–299. Bibcode:2010SyApM..33..291Y. PMID 20817437. doi:10.1016/j.syapm.2010.08.001.
- ^ Munoz, R. L.; Yarza, P.; Ludwig, W.; Euzéby, J.; Amann, R.; Schleifer, K. H.; Oliver Glöckner, F.; Rosselló-Móra, R. Release LTPs104 of the All-Species Living Tree. Systematic and Applied Microbiology. 2011, 34 (3): 169–170. Bibcode:2011SyApM..34..169M. PMID 21497273. doi:10.1016/j.syapm.2011.03.001.
- ^ Wu, Dongying; Hugenholtz, Philip; Mavromatis, Konstantinos; Pukall, Rüdiger; Dalin, Eileen; Ivanova, Natalia N.; Kunin, Victor; Goodwin, Lynne; Wu, Martin; Tindall, Brian J.; Hooper, Sean D. A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea. Nature. December 2009, 462 (7276): 1056–1060. Bibcode:2009Natur.462.1056W. ISSN 0028-0836. PMC 3073058 . PMID 20033048. doi:10.1038/nature08656.
- ^ Kyrpides, Nikos C.; Hugenholtz, Philip; Eisen, Jonathan A.; Woyke, Tanja; Göker, Markus; Parker, Charles T.; Amann, Rudolf; Beck, Brian J.; Chain, Patrick S. G.; Chun, Jongsik; Colwell, Rita R. Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea: Sequencing a Myriad of Type Strains. PLOS Biology. 5 August 2014, 12 (8). ISSN 1545-7885. PMC 4122341 . PMID 25093819. doi:10.1371/journal.pbio.1001920 . 已忽略未知参数
|article-number=(帮助) - ^ The LTP. [20 November 2023].
- ^ LTP_all tree in newick format. [20 November 2023].
- ^ LTP_08_2023 Release Notes (PDF). [20 November 2023].