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假單胞菌門

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假單胞菌門
掃描電子顯微鏡下的大肠埃希氏菌（Escherichia coli）
科学分类 编辑
域： 细菌域 Bacteria
界： 假单胞菌界 Pseudomonadati
门： 假單胞菌門 Pseudomonadota
Garrity et al. 2021[1][2]
綱[7]
異名
  • "Proteobacteria" Stackebrandt et al. 1988[8]
  • "Proteobacteria" Gray and Herwig 1996[9]
  • "Proteobacteria" Garrity et al. 2005[10]
  • "Proteobacteria" Cavalier-Smith 2002[11]
  • "Alphaproteobacteraeota" Oren et al. 2015
  • "Alphaproteobacteriota" Whitman et al. 2018
  • "Caulobacterota" corrig. Garrity et al. 2021
  • "Neoprotei" Pelletier 2012
  • "Rhodobacteria" Cavalier-Smith 2002

假單胞菌門[12][13]（学名：Pseudomonadota）旧名變形菌門[14]（学名：Proteobacteria[15]）， 是革兰氏阴性細菌中主要的一門[16][17]，包括很多病原菌，如大肠杆菌、克雷伯氏菌、沙门氏菌、志贺氏菌、绿脓杆菌、霍乱弧菌、鼠疫杆菌、脑膜炎双球菌、淋球菌、空肠弯曲菌、幽门螺杆菌等著名的属[18]。也有自由生活（非寄生）的種類，包括很多可以進行固氮的細菌。

卡尔·乌斯於1987年建立這個群組，非正式的稱這是“紫細菌及其親屬”[19]。假單胞菌門主要是由核糖體RNA序列定義的，名稱取自希臘神話中能夠變形的神普羅透斯（這同時也是變形菌門中變形桿菌屬的名字），因爲該門細菌的形狀具有極爲多樣的形狀[20][21]。

分类

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目前公认的分类法基于原核生物标准命名列表（LPSN）[2] 以及美国国家生物技术信息中心（NCBI）。[7]

特性

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所有的假單胞菌門細菌都是革蘭氏陰性菌，其外膜主要由脂多糖組成。很多種類利用鞭毛運動，但有一些非運動性的種類，或者依靠滑行來運動。此外還有一類獨特的黏细菌（myxobacteria），可以聚集形成多細胞的子實體。假單胞菌門包含多種代謝種類。大多數細菌營兼性或者專性厭氧及異養或者自養化能生物生活，但有很多例外。很多並非緊密相關的屬可以利用光合作用儲存能量。因其多數具有紫紅色的色素，被稱爲紫細菌。

分類

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假單胞菌門根據rRNA序列被分爲五類（通常作爲五個綱），用希臘字母α、β、γ、δ和ε命名。其中有的類別可能是併系的。

α-變形菌除包括光合的種類外，還有代謝C1化合物的種類、和植物共生的細菌（如根瘤菌屬）、與動物共生的細菌和一類危險的致病菌立克次體目。此外真核生物的線粒體的前身也很可能屬於這一類（參見內共生學說）。

β-變形菌包括很多好氧或兼性細菌，通常其降解能力可變，但也有一些無機化能種類（如可以氧化氨的亞硝化單胞菌屬（Nitrosomonas）和光合種類（紅環菌屬（Rhodocyclus）和紅長命菌屬（Rubrivivax）。很多種類可以在環境樣品中發現，如廢水或土壤中。該綱的致病菌有奈氏球菌目(Neisseriales)的中一些細菌（可導致淋病和腦膜炎）和伯克氏菌屬（Burkholderia）。 在海洋中很少能發現β-變形菌。

γ-變形菌包括一些醫學上和科學研究中很重要的類群，如腸桿菌科（Enterobacteraceae）、弧菌科（Vibrionaceae）和假單胞菌科（Pseudomonadaceae）。很多重要的病原菌屬於這個綱，如沙門氏菌屬（Salmonella）（腸炎和傷寒）、耶尔森氏菌属（Yersinia）（鼠疫）、弧菌屬（Vibrio）（霍亂）、绿脓杆菌（Pseudomonas aeruginosa）（就醫時引發的肺部感染或者囊性纖維化）。重要的模式生物大腸桿菌也屬於此綱。

δ-變形菌包括基本好氧的形成子實體的黏细菌和嚴格厭氧的一些種類，如硫酸鹽還原菌脫硫弧菌屬(Desulfovibrio)、脫硫菌屬(Desulfobacter)、脫硫球菌屬(Desulfococcus)、脫硫線菌屬(Desulfonema)等和硫還原菌（如除硫單胞菌屬 Desulfuromonas），以及具有其它生理特徵的厭氧細菌，如還原三價鐵的地桿菌屬(Geobacter)和共生的暗桿菌屬(Pelobacter)和互營菌屬(Syntrophus)。

ε-變形菌只有少數幾個屬，多數是彎曲或螺旋形的細菌，如沃林氏菌屬(Wolinella)、螺桿菌屬(Helicobacter)和彎曲菌屬(Campylobacter)。它們都生活在動物或人的消化道中，爲共生菌（沃林氏菌在牛中）或致病菌（螺桿菌在胃中或彎曲菌在十二指腸中）。

參見

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參考文獻

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  1. ^ Oren A, Garrity GM. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. October 2021, 71 (10): 5056. PMID 34694987. S2CID 239887308. doi:10.1099/ijsem.0.005056 可免费查阅. 
  2. ^ 2.0 2.1 A.C. Parte; et al. Pseudomonadota. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). [2025-02-28]. 
  3. ^ 3.0 3.1 Williams KP, Kelly DP. Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. August 2013, 63 (Pt 8): 2901–2906. PMID 23334881. S2CID 39777860. doi:10.1099/ijs.0.049270-0. 
  4. ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn T. Class I. Alphaproteobacteria class. nov.. Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (编). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. ((2 (Proteobacteria), Part C (The Alpha-, Beta-, Delta- and Epsilonproteobacteria) )) 2nd. Springer. 2005: 1. ISBN 978-1-118-96060-8. doi:10.1002/9781118960608.cbm00041. 
  5. ^ 5.0 5.1 Boden R, Hutt LP, Rae AW. Reclassification of Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) as Annwoodia aquaesulis gen. nov., comb. nov., transfer of Thiobacillus (Beijerinck, 1904) from the Hydrogenophilales to the Nitrosomonadales, proposal of Hydrogenophilalia class. nov. within the 'Proteobacteria', and four new families within the orders Nitrosomonadales and Rhodocyclales. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. May 2017, 67 (5): 1191–1205. PMID 28581923. doi:10.1099/ijsem.0.001927 可免费查阅. hdl:10026.1/8740 可免费查阅. 
  6. ^ Emerson D, Rentz JA, Lilburn TG, Davis RE, Aldrich H, Chan C, Moyer CL. A novel lineage of proteobacteria involved in formation of marine Fe-oxidizing microbial mat communities. PLOS ONE. August 2007, 2 (7): e667. Bibcode:2007PLoSO...2..667E. PMC 1930151 可免费查阅. PMID 17668050. doi:10.1371/journal.pone.0000667 可免费查阅. 
  7. ^ 7.0 7.1 C.L. Schoch; et al. Pseudomonadota. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. [2025-02-28]. 
  8. ^ Stackebrandt E, Murray RG, Trüper HG. Proteobacteria classis nov., a name for the phylogenetic taxon that includes the "purple bacteria and their relatives". International Journal of Systematic Bacteriology. 1988, 38 (3): 321–325. doi:10.1099/00207713-38-3-321 可免费查阅. 
  9. ^ Gray JP, Herwig RP. Phylogenetic analysis of the bacterial communities in marine sediments. Applied and Environmental Microbiology. November 1996, 62 (11): 4049–4059. Bibcode:1996ApEnM..62.4049G. PMC 168226 可免费查阅. PMID 8899989. doi:10.1128/aem.62.11.4049-4059.1996. 
  10. ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn T. Phylum XIV. Proteobacteria phyl. nov.. Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (编). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. ((2 (Proteobacteria), Part B (Gammaproteobacteria) )) 2nd. New York, NY: Springer. 2005: 1. 
  11. ^ Cavalier-Smith T. The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. January 2002, 52 (Pt 1): 7–76. PMID 11837318. doi:10.1099/00207713-52-1-7 可免费查阅. 
  12. ^ Pseudomonadota. 臺灣生命大百科. [2024-08-13]. （原始内容存档于2024-11-30）. 
  13. ^ 郭浩然,王帆,田连祥,等.山西运城盐湖土壤沉积物细菌多样性及影响因素分析[J].微生物学报, 2024(6).
  14. ^ 變形菌門. 樂詞網. 國家教育研究院 （中文（臺灣））. 
  15. ^ 存档副本. [2022-04-23]. （原始内容存档于2022-06-01）. 
  16. ^ Rizzatti G, Lopetuso LR, Gibiino G, Binda C, Gasbarrini A. Proteobacteria: A Common Factor in Human Diseases. BioMed Research International. 2017, 2017: 9351507. PMC 5688358 可免费查阅. PMID 29230419. doi:10.1155/2017/9351507 可免费查阅. 
  17. ^ Kersters K, De Vos P, Gillis M, Swings J, Vandamme P, Stackebrandt E. Introduction to the Proteobacteria. Dworkin M, Falkow S, Rosenberg E, Schleifer KH (编). The Prokaryotes. ((5: Proteobacteria: Alpha and Beta Subclasses)). New York, NY: Springer. 2006: 3–37 [2024-04-12]. ISBN 978-0-387-30745-9. doi:10.1007/0-387-30745-1_1 （英语）. 
  18. ^ Madigan, M. and J. Martinko. (eds.). Brock Biology of Microorganisms 11th. Prentice Hall. 2005. ISBN 0-13-144329-1. 
  19. ^ Woese, CR. Bacterial evolution. Microbiological reviews. 1987, 51 (2): 221–71. PMC 373105 可免费查阅. PMID 2439888. 
  20. ^ Stackebrandt, E.; Murray, R. G. E.; Truper, H. G. Proteobacteria classis nov., a Name for the Phylogenetic Taxon That Includes the "Purple Bacteria and Their Relatives". International Journal of Systematic Bacteriology. 1988, 38 (3): 321. doi:10.1099/00207713-38-3-321. 
  21. ^ Proteobacteria. Discover Life: Tree of Life. [2007-02-09]. （原始内容存档于2007-09-27）. 

外部链接

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