假单胞菌界
假单胞菌界
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| 放大25,000倍的大肠杆菌细胞 | |
科学分类 
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| 域： | 细菌域 Bacteria |
| 界： | 假单胞菌界 Pseudomonadati (Gibbons & Murray 1978) Oren & Göker 2024 |
| 模式属 | |
| 假单胞菌属 Pseudomonas Migula 1894 (1980年批准名单)[2]
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| 门[1] | |
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| 異名 | |
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“水生细菌” "Hydrobacteria" Battistuzzi & Hedges, 2009[3] | |
假单胞菌界[4]（学名：Pseudomonadati）是一个包含大约三分之一原核生物物种的一个界，其中大部分及其亲属是革兰氏阴性细菌[3]。它是更大的细菌界——芽孢杆菌界的近亲，而芽孢杆菌大多是革兰氏阳性细菌[5][3]。
名称
[编辑]该细菌界的同义词（异名）“Hydrobacteria（水生细菌）”，其中“hydro”为“水”的意思，指的是这些物种共同祖先所处的潮湿环境。相比之下，芽孢杆菌界的物种则适应陆地生活。[5][3]自2024年起，该群体唯一有效发布的名称是假单胞菌界（Pseudomonadati），以前没有这个名称，因为在早期版本的原核生物法典中，门以上的级别不可能存在。[6]
1978年，吉本斯（Gibbons）和默里（Murray）描述了“Gracilicutes”（细长菌界／门），[7]有时也用它来代替假单胞菌界（Pseudomonadati）。然而，“细长菌”包含了蓝细菌（芽孢杆菌界的一个成员），并且不属于现在普遍接受的三域系统。[7]近期，有人提出了对“细长菌”的重新定义，[8]但该定义并未包含分子系统发育学或统计分析。此外，该定义也未遵循三域系统，而是声称真核生物+古菌的谱系嵌套在细菌中，是放线菌门的近亲，而任何分子系统发育学都不支持这一谱系。
进化
[编辑]据推测，假单胞菌[界]和芽孢杆菌[界]在大约30亿年前分化，这表明当时陆地（大陆）已被原核生物占领。[3]
系统发育和分类学
[编辑]它们包括这些总门和门：酸杆菌门、产水菌门、蛭弧菌门、弯曲杆菌门、脱铁杆菌门、依赖菌门（Dependentiae）、脱硫杆状菌门、脱硫单胞菌门（Desulfuromonadota）、难得菌门、FCB总门、粘球菌门、硝化螺旋菌门、变形菌门（假单胞菌门）、PVC总门和螺旋体门。[9][10]
一些无根源的分子系统发育分析并不支持这种芽孢杆菌界和假单胞菌界的二分法，[11][12]但最近的基因组分析，[9][10]包括那些专注于建立系统发育树的分析[9]发现这两组是单系的（单系指一组生物源自共同的进化祖先或祖先群体，尤其是不与其他任何群体共享的群体）。
假单胞菌界和芽孢杆菌界共同形成一个大进化枝，包含截至2009年已知的97%的原核生物和99%的所有细菌种类，巴蒂斯图齐（Battistuzzi）和赫奇斯（Hedges）将它们放置在拟议的分类单元Selabacteria（光细菌）中，以暗示它们的光养能力（希腊语σέλας；罗马化：sélas，词语为“光”的意思）。[13]目前，对于假单胞菌界和芽孢杆菌界之外的细菌门（从而证明Selabacteria分类单元的合理性）存在争议，并且可能包括或不包括梭杆菌。[9][10]
细菌领域内两个主要分支（假单胞菌界和芽孢杆菌界）的定义主要来自于基因组的根源性系统发育分析。[5][3][9][10]非根源性分析并未完全支持这一划分，[12][11]该分析提醒人们，根源性生命树状图的重要性。
近期两次细菌系统发育分析均支持假单胞菌界和芽孢杆菌界的划分。[9][10]然而，他们对细胞壁的进化有不同的解释，一个人得出结论，细菌的最后共同祖先是革兰氏阳性细菌，[9]而另一个人则得出结论，它是革兰氏阴性细菌。[10]下面的树状图是从最近的两项研究中重新绘制的，[9]显示了细菌门和总门（超门）的系统发育，其中梭杆菌的位置尚未确定，DST是芽孢杆菌界的最近亲属：
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根据科尔曼（Coleman）等人2021年的研究，绘制了细菌门和总门的系统发育图。在该研究中，假单胞菌界被称为“细长菌”（Gracilicutes）。
参考文献
[编辑]- ^ Parte, A.C., Sardà Carbasse, J., Meier-Kolthoff, J.P., Reimer, L.C. and Göker, M. (2020). List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) moves to the DSMZ. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70, 5607-5612; DOI: 10.1099/ijsem.0.004332
- ^ Pseudomonadati in LPSN; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) moves to the DSMZ. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 1 November 2020, 70 (11): 5607–5612. doi:10.1099/ijsem.0.004332
.
- ^ 3.0 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 Battistuzzi, F. U.; Hedges, S. B. A Major Clade of Prokaryotes with Ancient Adaptations to Life on Land. Molecular Biology and Evolution. 1 February 2009, 26 (2): 335–343. PMID 18988685. doi:10.1093/molbev/msn247.
- ^ Kingdom: Pseudomonadati. lpsn.dsmz.de. [2025-04-02] （英语）.
- ^ 5.0 5.1 5.2 5.3 Battistuzzi, Fabia U; Feijao, Andreia; Hedges, S Blair. A genomic timescale of prokaryote evolution: insights into the origin of methanogenesis, phototrophy, and the colonization of land. BMC Evolutionary Biology. 2004, 4 (1): 44. PMC 533871 . PMID 15535883. doi:10.1186/1471-2148-4-44 .
- ^ Göker, Markus; Oren, Aharon. Valid publication of names of two domains and seven kingdoms of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 22 January 2024, 74 (1). doi:10.1099/ijsem.0.006242 .
- ^ 7.0 7.1 Gibbons, N. E.; Murray, R. G. E. Proposals Concerning the Higher Taxa of Bacteria. International Journal of Systematic Bacteriology. 1 January 1978, 28 (1): 1–6. doi:10.1099/00207713-28-1-1 .
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- ^ Battistuzzi, FU; Hedges, SB. Eubacteria. Hedges, SB; Kumar, S (编). The Timetree of Life. New York: Oxford University Press. 2009: 106–115.